Расширенные поля - добавляйте в задачи и проекты поля, которые нужны именно вашей компании.
Оценка задач и проектов - оценивайте результаты работы сотрудников.
Департаменты - в одном Мегаплане могут работать несколько департаментов или компаний, сотрудники которых не видят друг друга.
Согласование документов - утверждайте документы без лишней переписки.
Опросы в модуле "общение" - создавайте опросы, чтобы узнать мнение коллег.